‘끝장토론’에서는 “인터넷방송 ‘나는 꼼수다’ 열풍, 민심의 표출인가”를 주제로 정 전 의원과 배은희 한나라당 전 대변인이 출연해 치열한 설전을 벌였다.
이 과정에서 나꼼수 대안언론 반대의견을 지닌 평가단에 있던 윤씨는 정 전 의원에게 “여당후보의 흠집내기에만 전념하는 방송인가? 각하를 흠집 내고 계시지 않느냐?”고 쏘아붙였다. 또한 윤씨는 “조중동은 중립적인데 나꼼수는 중립적이지 못하다. 나꼼수가 진보계의 조중동 아니냐?”며 거센 비판을 가했다.
그러나 방송 직후 윤주진 씨가 보수단체 어버이연합에서 후원을 받는 보수학생단체 한국대학생포럼의 대표인 것으로 확인돼 논란이 일었다. 실제로 인터넷에는 윤씨가 어버이연합 행사에 참석해 표창장을 받는 사진이 게재되기도 했다.
이 같은 사실이 알려지자 누리꾼들은 “단지 패널로 출연한 대학생이 보수단체 대표라는 사실은 형평성에 어긋나는 게 아니냐.”는 의견을 보이며 비판했다. 더불어 일반 시민으로 영상에 나온 강재천 씨도 극우파라는 게 알려지며 “‘끝장토론’ 자체가 어떤 의도로 만들어진 건지 모르겠다.”는 지적이 제기되기도 했다.
한편 정봉주 전 의원은 방송 이후 언론과의 인터뷰에서 윤씨에 대해 “윤주진 씨의 경직된 사고가 불쌍하고 부모님까지 걱정된다.”고 말했다.
또한 ‘나는꼼수다’ 콘서트의 기획자인 탁혁민 성공회대 교수는 윤씨에 대해 우려의 마음을 표했다. 탁 교수는 8일 자신의 트위터에 “어느 모자란 학생을 통해 대학교육에 문제가 정말 심각하단 걸 느낄 수 있었던 시간이었다.”는 방송소감을 밝혔다.